Jérôme Rothen intègre en 1991 le centre de formation de Clairefontaine pour une durée de 3 ans. Il y côtoie alors William Gallas et Thierry Henry. En retard sur sa croissance jusqu'à ses 17 ans, il ne sort pas du lot malgré une technique et un pied gauche de grande qualité. Il rejoint alors la Normandie pour évoluer sous les couleurs de Caen évoluant en D2. Il y disputera trois saisons pleines (1997 - 2000), jusqu'à intégrer l'équipe type de Ligue 2 en 2000. Il décide alors de rejoindre les rangs de Troyes, dirigé par Alain Perrin.
Jérôme Rothen réalise sa première apparition en Ligue 1 lors du match Marseille - Troyes (3-1) le 28 juillet 2000. À l'intersaison 2001 il est contacté par Nantes, mais le transfert ne se conclut pas. Didier Deschamps le convainc alors de rejoindre le club de la Principauté de Monaco. Il y restera 3 saisons au cours desquelles Monaco montera en puissance crescendo avec comme point d'apothéose la finale contre le FC Porto (0 - 3) en Ligue des Champions en 2004. Il connaît également sa première sélection en équipe de France A en 2003.
À l'intersaison 2004, il rejoint son club de c½ur le Paris Saint-Germain pour une somme avoisinant les 10 millions d'euros. Payant les nombreux efforts consentis lors de sa dernière saison avec Monaco, Jérôme Rothen est longtemps absent des terrains suite à des blessures musculaires répétitives mais est aussi victime de nombreuses fautes des joueurs adverses.
Sa saison 2005-2006 fut une nouvelle fois décevante. Sous les ordres de Laurent Fournier puis de Guy Lacombe, l'ancien Monégasque ne parvint pas à développer le jeu qui le rendit célèbre avec l'AS Monaco. Souvent blessé et en désaccord avec son coach, Rothen sauvera néanmoins sa saison en gagnant la Coupe de France.
Mais cela ne suffira pas à le faire sélectionner par Raymond Domenech pour la coupe du monde 2006. En froid avec Guy Lacombe au début de la saison 2006-2007, il aurait pu songer à un départ au mercato d'hiver.
Avec le licenciement de Guy Lacombe et l'arrivée de Paul Le Guen, Jérôme Rothen a retrouvé sa confiance et son niveau.
Durant le mercato d'été, Jérôme Rothen est alors courtisé par certains clubs dont l'Olympique Lyonnais. Après quelques semaines de discussions avec l'OL, et malgré le challenge lyonnais (qui joue la Ligue des Champions), il prolonge son contrat avec le PSG jusqu'en 2011.